El término protozoo es uno de los más usados en los libros de texto y en las obras de zoología popular, a la vez que uno de los peor definidos. Para un tratamiento general e histórico del término véase el artículo Protozoo. El correspondiente nombre latino, Protozoa, ha sido usado por diferentes autores con distinto significado; este artículo comenta la más reciente de estas propuestas, obra de uno de los estudiosos más influyentes de la diversidad de este tipo de organismos.
El biólogo canadiense Thomas Cavalier-Smith, que ha venido desarrollando a lo largo de su carrera hipótesis filogenéticas y propuestas taxonómicas alternativas sobre los eucariontes evolutivamente basales, mantiene en sus sucesivas propuestas de clasificación un grupo formal Protozoa, al que atribuye la categoría de reino, considerándolo basal o ancestral de los demás reinos eucariontes;[1] en 2004 lo divide en dos subreinos: Biciliata (equivalente a Bikonta) y Sarcomastigota (Unikonta).
* Biciliata (= Bikonta)
o Alveolata
+ Dinoflagellata o Pyrrhophyta o Dinozoa
+ Apicomplexa o Sporozoa
+ Ciliophora
o Excavata
+ Metamonada
+ Euglenozoa o Euglenophyta
+ Percolozoa
+ Loukozoa
+ Apusozoa
o Rhizaria
+ Radiolaria o Radiozoa
+ Foraminifera
+ Cercozoa
* Sarcomastigota (= Unikonta)
o Amoebozoa
o Choanozoa o Mesomycetozoa
Las propuestas de Cavalier-Smith no suscitan unanimidad, aunque es un autor muy influyente en el campo de la evolución y la sistemática de los eucariontes más basales.
Monofilia y origen
Lynn Margulis, discípula de Whittaker, recuperó para el campo de la protistología el criterio filogenético que animaba los esfuerzos de Copeland en favor de una clasificación evolutiva, basada en grupos monofiléticos. Margulis aportó además luz sobre la eucariogénesis (el origen de los eucariontes), resucitando y popularizando hipótesis anteriores acerca del origen por endosimbiosis de las mitocondrias y los plastos, a partir de bacterias. El origen de los protistas, y más específicamente de los primeros protozoos, coincide así con el origen de las primeras células eucarióticas y los primeros organismos eucariontes. Se han formulado muchas hipótesis alternativas acerca de la eucariogénesis. Uno de los autores más prolíficos, el canadiense Cavalier-Smith, postula un origen bacteriano del primer eucarionte, es decir, del primer protozoo, el cual aparecería como resultado de la evolución de una Actinobacteria (que es de condición heterótrofa), la cual se habría modificado radicalmente primero por pérdida de su rígida pared bacteriana, facilitándose la adquisición de una condición fagótrofa, luego entra en endosimbiosis con una Alpha-proteobacteria, la cual dará lugar a la primera mitocondria. La aparición de el primer organismo eucariota unicelular —ya con sistema endomembranoso de núcleo, retículo endoplasmático, aparato de Golgi y lisosomas, con citoesqueleto de microtúbulos, unicentriolar y uniflagelado— representó una revolución en la historia biológica del planeta, hace unos 850-900 millones de años; mucho más joven que las bacterias que tienen unos 3,500 millones de años.
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